Die Arbeit im Familienzentrum Kartause orientiert sich an den Leitsätzen für die Arbeit in evangelischen Familienzentren. Diese beinhalten unter anderem eine christliche Erziehung als Angebot in einer multikulturellen Gesellschaft, religiöse Bildung mit Kindern in Familien sowie die Mitwirkung und Mitbestimmung von Eltern. Vermittelt werden aber auch das Leitbild und die Grundwerte der Evangelischen Gemeinde Köln - etwa die befreiende Kraft des Evangeliums, eine solidarische Einstellung und Gemeinschaft mit anderen. So kann aus gelebter Toleranz eine interessierte Neugier und ein verantwortungsvoller Dialog entstehen. Im Alltag zeigt sich dies durch eine enge Anbindung des Familienzentrums an die anderen Aktivitäten der Evangelischen Gemeinde Köln, zum Beispiel in der Teilnahme und bei der Mitgestaltung von Gemeindefesten oder Kindergottesdiensten.
Von 2001 bis 2003 nahm das Familienzentrum Kartause an einer zweijährigen Qualitätsmanagementschulung des Evangelischen Kirchenverbandes Köln und Region teil. Die Grundlage bildete das BETA-Qualitätsmanagement. Die erarbeiteten Schlüsselprozesse in pädagogischer und organisatorischer Hinsicht bilden heute den Rahmen für unsere tägliche Arbeit.